Mit der Einführung der Reformation kam es unter weltliche Verwaltung. Die Nonnen scheinen noch lange am katholischen Leben festgehalten zu haben.
1655 wurde Pielenhofen kraft päpstlicher Bestätigung erneut dem Reichsstift Kaisheim einverleibt. Abt Georg IV. errichtete ein Subpriorat. In die Räume des Klosters zogen Patres ein.
1702 plante man nördlich der Klostergebäude die neue Kirche. Ihre bauliche Gestaltung lag ab 1717 bei dem Vorarlberger Franz Beer, der aus Kaisheim nach Pielenhofen gekommen war. Die Deckenbilder
sind ein Werk des Malers Karl Stauder aus Konstanz.
1803 fiel auch Pielenhofen der Säkularisation zum Opfer. Die Klosterkirche wurde Pfarrkirche. 1806, drei Jahre später, bestimmte die Regierung Pielenhofen als Sammelkloster für die Karmelitinnen aus
München und Neuburg/Donau. Damals kam das Gnadenbild des "Weinenden Heilandes" mit den Karmelitinnen aus München nach Pielenhofen. 1838 erwarben die Schwestern von der Heimsuchung Mariens
(Salesianerinnen) die Klostergebäude und errichteten eine Erziehungs- und Bildungsstätte für die Mädchenjugend. Von 1912 bis 1980 leiteten sie eine sechsklassige höhere Mädchenschule, das
Chantalgymnasium mit Internat. Seit 1981 dienen die Schul- und Internatsräume den jüngsten der Regensburger Domspatzen als Heimstätte. Die Schwestern wirken bei der Betreuung und Erziehung der Buben
mit. ....
Mittlerweile ist im Klostergebäude die >Herder Schule untergebracht.